кишечная палочка в мазке у девочки?

Добрый день!
Дочке 1г 8мес, в 11 мес она перенесла острый пиелонефрит, вызванный кишечной палочкой. Лежали в больнице, лечили сначала амикацином (2 дня), потом цефатаксимом (еще 7 дней), дома долечивались фурагином 3 месяца. После первой же инъекции амикацина наутро анализы мочи стали идеальными и с тех пор оставались в пределах нормы. В больнице начался сильный понос, который лечили энтеролом. После выписки сдавали кал на дисбактериоз, в анализе нашли клебсиеллу и гемолизирующую кишечную палочку. Но т.к. к тому моменту, когда результат был готов, стул нормализовался и ребенок чувствовал себя хорошо, лечение не проводилось. Сейчас стул нормальный, ежедневный, самочувствие хорошее, жалоб нет, кроме того, что иногда бывает небольшое покраснение на слизистой гениталий (ребенок ходит в подгузниках). Недавно в вагинальном в мазке на бак. посев нашли кишечную палочку, причем нечувствительную ко всем антибиотикам, кроме меропенема (мазок на флору при этом – 1 ст.чистоты). В последнем анализе мочи – слизь ++, оксалаты, лейкоцитов 0-5, бакпосев мочи чистый,к нефрологу сможем попасть только через 2 недели. Гинеколог назначил местное лечение мазью «Левомиколь», т.к. «в анализе НЕ написали, что кишечная палочка нечувствительна к левомицетину». Но и то, что она к нему чувствительна, тоже не написали – похоже, просто не проверяли. Я сделала пробу мазью на маленький участок попы – он немного покраснел. Можно ли применять эту мазь? Можно ли вместо мази местно использовать какой-нибудь бактериофаг?
Откуда вообще взялась устойчивость к антибиотикам, если мы эти антибиотики не применяли, а изначально наша кишечная палочка была чувствительна ко многим антибиотикам?