Микроорганизмы, вызывающие развитие данного заболевания часто встречаются в природе. Вегетативные виды и споры наблюдаются в желудочно-кишечном тракте разнообразных домашних и, главным образом, диких млекопитающих, водоплавающих птиц, рыб. При попадании возбудителей заболевания в почву, они в спорообразной форме способны сохраняться и накапливаться в течение продолжительного периода времени. Почти все продукты питания, которые загрязнены почвой или выделениями из кишечника млекопитающих, птиц, рыб способны хранить на себе споры или вегетативные формы микроорганизмов, вызывающих ботулизм. Но болезнь может развиться только при приеме в пищу продуктов, хранившихся при отсутствии кислорода или без необходимой термообработки. Среди них: консервы, как правило домашнего изготовления, копчености, и другие продукты питания, в которых есть факторы для хранения вегетативных форм бактерий и образования ядов. В Российской Федерации обычно отмечаются болезни, связанные, главным образом, с приемом в пищу грибов домашнего консервирования, копченой либо вяленой рыбы, в Европе - мясных и колбасных продуктов, в Америке - бобовых консервов. Эти пищевые продукты обычно приводят к групповым (или семейным) вспышкам болезней.
В более редких случаях отмечаются заболевания из-за заражения только спорами микроорганизмов Cl. Botulinum. К ним причисляют такие виды заболевания как раневой ботулизм, ботулизм новорожденных.
Отзывы